Yapım tarihi kesin bilinmemekle birlikte yapılan araştırmalar neticesinde 16.yy yapısı olduğu anlaşılan caminin; Balat tarihine bakıldığında yangınlara maruz kalıp ilk inşa edildiği halinin üzerine değişimler geçirdiği veya yeniden inşa edildiği düşünülmektedir. Son olarak yapının 1941de tamamen yanıp kullanılamaz hale geldiği ve taş temellerin korunup betonarme olarak 1955 yılında yeniden inşa edildiği bilinmektedir. Kare plan şemasına sahip harim ve L plan şemalı mahfil katına sahip olan yapının kuzey cephesine geç dönemde yapılan müdahaleler ile müştemilat yapıları eklendiği görülmektedir. Restorasyon projesinde yapılan araştırmalardan elde edilen veriler ışığında; nitelikli dönem ekleri korunurken, niteliksiz müdahalelerle eklenen muhdes ekler kaldırılmıştır. İstanbul ili, Fatih İlçesi, Balat semtinde bulunan Cafer Subaşı Camii’nin 3 boyutlu lidar tarama yöntemi ile ölçümleri yapılmış ve rölöve, restitüsyon ve restorasyon projeleri hazırlanmıştır. Projeler ilgili Koruma Kurulu tarafından onaylanmıştır.